Ich würde das Risiko eingehen wenn ich ein "unbequemes" Zeitpolster für Interkontinentalflüge hätte, und das wäre keinesfalls unter zwei Stunden, eigentlich gute drei. Je höher das finanzielle Risiko ist, dessen Eintritt man vermeiden möchte, desto mehr. Unter zweieinhalb Stunden würde ich aber auch bei Koppelbuchung nicht kalkulieren, weil eine Stunde ist schnell mal drin, Aussteigen geht kaum unter 20 bis 30 min und dann muss man aus Südamerika ja noch durch die Schengenkontrolle. Da ist zwei Stunden schon bei kaum Verspätung haarig. Selbst wenn man kein finanzielles Risiko hätte, hat man ja ein Zeitrisiko, schließlich fährt da nicht stündlich ein IC sondern fliegt unregelmäßig ein Jet, der oft wenig freie Plätze hat. Außerhalb der Geschäftsflugzeiten zwischen FRA und MUC mag das ja noch gehen, aber kaum in die sächsische Provinz (flugmäßig

).
Mir ist aber bewusst, dass die Empfehlung größerer Zeitreserve gerade bei Euch mit Kind zu anderen Unbequemlichkeiten führt (ich schlafe halt einfach die ggfs unnötigen eineinhalb Stunden), aber ich sehe keine vernünftigen Alternativen. Außer vielleicht abzuprüfen, ob nicht reservierungspflichtige Regionalzüge fahren, aber dafür ist die Strecke wohl schon zu weit und vor allem kaum mehr direkt bedient.
Und ja, bei separater Buchung verfällt der Flug, außer man nimmt Umbuchungstarife (teurer), aber auch da solltest Du bei LH anfragen, was passiert, wenn Du aus dem Zubringerflug raus nicht frühzeitig Bescheid sagen kannst und auch wegen eines angemeldeten Gepäcktransports, das aber noch nicht da ist, ob das direkt nachgeliefert wird oder es einen Service am Flughafen gibt und wie es markiert werden müsste.
ciao, Christian