Wie kommt ihr denn zum Startpunkt und wie zurück?
Da die Radmitnahme mit den Regionalzügen immer problemlos funktioniert, würde ich meine Tour auch am französischen Eisenbahnnetz ausrichten, zumal deine Liebste ja Steigungen scheut, wie der Teufel das Weihwasser. Auch sind die Bahnverbindungen bei tagelangem Dauerregen nicht zu verachten.
https://www.sncf.com/fr/itineraire-reservation/geolocalisation

Du kannst dir auf caminaro.com die Radwege und das Eisenbahnnetz über die Layer im rechten Bereich prima anzeigen lassen. Für das Wetter gibt es keine Layer.

Vorschlag:
Von Basel den EV6 bis Chalon-sur- Saône. Dann entweder den EV6 weiter zur Loire oder die Veloroute V51a nach Macon und weiter nach Süden an der langweiligen Rhone vorbei.
https://de.eurovelo.com/ev6/from-nevers-to-basel

Das Massif Central ist zwar wunderschön, doch ohne ein paar Steigungen werdet ihr da nicht durchkommen.