Hallo Tine,
zunächst der Gerlospass: Ist m.E. tatsächlich von Westen her mit Kind schlecht zu fahren, weil der Pass sich sehr lange streckt (auch landschaftlich nicht sehr abwechslungsreich) und der Verkehr recht intensiv ist. Der Tauernradweg auf der anderen Seite ist aber sehr attraktiv. Von Osten hat man mit der alten Gerlospassstraße zwar eine ruhige Alternative - die ist aber bergauf als sehr schwer einzustufen und bergrunter evtl. auch etwas heikel mit Kind (Erfahrung?).
Alternative: Vom Inntal bei Kufstein über Walchsee - Kössen - Pass Strub nach Lofer, Lofertal nach Saalfelden (Ritzensee), Zeller See, danach auf den Tauernradweg nach Salzburg weiter. Es gibt nur sehr kleine Hügel. Etwas mehr Berge hat man, wenn man von Kössen über St. Johann/Tirol den leichten Grießenpass (Hochfilzen) nach Saalfelden überquert - es existiert weitgehend ein separater Radweg. Einen schönen See mehr würdet ihr abfahren, wenn man vor der Grießenpasshöhe zum Pillersee abzweigt, dann wie zuvor über Waidring - Pass Strub - Lofer nach Saalfelden.
Wenn ihr unbedingt die Krimmler Wasserfälle sehen wollt, könnte man von Zell am See auch den Zug nach Krimml nehmen und dann den gesamten Tauernradweg abrollen. Die schönere Alternative zur Salzach zwischen Bruck und St. Johann/Pongau wäre ab Saalfelden am Panorama des Steinernen Meeres und dem Hochkönig vorbei. Dazu muss man aber zwei kleine, aber teils sehr steile Pässe (Filzensattel, Dientner Sattel) überqueren.
Alternative ab München: Isar aufwärts über Bad Tölz, Sylvensteinstausee zum Achensee. Über Leutaschtal ins Inntal, Innsbruck und weiter über Zillertal wie geplant oder Inntal nach Kufstein und weiter wie hier beschrieben.
Falls zuviel Zeit am Ende übrig bleibt: In der Salzburger Gegend gibt es ausreichend Rundkurse verschiedenster Schwierigkeitsgrade, Fuschlsee, Wolfgangsee, Mondsee, Attersee, Wallersee u.v.a. sind nicht weit.