Bei Reifen und Felgen gleicher Bauart müste sich 26 sogar besser anfahren lassen, weil die Gewichte geringer sind.
Das ist bei dir aber nicht der Fall. Welche Reifen hast du genau an 28 und 26 (Gewichte, Profil)? Ich finde, dass es schon einen fühlbaren Unterschied macht, ob leichte Schläuche montiert sind.
http://www.mountainbike-magazin.de/test/bikes/die-nachteile-der-riesenraeder.454020.2.htm

Es könnte auch beim 26 an der Sitzhaltung liegen: Womöglich ungünstigere Kraftübertragung, breiter Lenker und damit hoher Luftwiderstand. Oder das viele Gepäck in Chile...
Die Rahmenlänge dürfte da nicht ausschlaggebend sein.