Also den Unterschied von Windows und anderen Programmen kenne ich auch. Anscheinend kann man in der EXIF eines Bildes abspeichern, ob diese gedreht angezeigt werden soll. Macht z.B. deine Kamera über einen Beschleunigungssensor. Nur Windows ist zu doof das richtig auszuwerten.
Das Verhalten von Photoshop ist damit erklärbar, dass es die Bilder so skaliert, dass sie in ein Raster von 4000*3000 passen. Ein quadratisches Bild wäre nachher wohl 3000*3000. Und die Hochformatbilder eben 2250*3000. Ein 10000*2000-Bild wohl 4000*800. Nachvollziehbar?

Bezüglich einer konkreten Lösung deines Problems brauchst du wohl einen Tipp von jemandem, der von Photoshop (und seiner Stapelverarbeitung) mehr Ahnung hat.