Die Changes sind recht simpel. Im Prinzip gibt es 2 Wege. Ich habe mir den Planet einmal heruntergeladen (das sind erstmal ein paar GB) und dann wird der immer mit osmupdate aktuell gehalten. Auf einer SSD dauerts rund 1h + Downloadzeit (aus China ist das leider recht zäh). Anschließend würde bei dir dann das ausschneiden deines Extraktes kommen mit osmconvert und dann in deine weiteren Scripte.

Wenn du die Extrakte der Geofabrik nutzt, kannst du natürlich auch diese mit den diffs von der Geofabrik updaten und dann wieder mergen zu deinem Extrakt. Was besser ist, kommt drauf an.

Ich finde es über den Planet angenehmer und problemloser.

Aber wie gesagt: Das was du vorhast ist meiner Einschätzung nach sehr hoher Aufwand für recht wenig Zusatznutzen. Zumindest meiner Einschätzung nach.