Korrekt.
Die nicht ausgewählte App wird in den Pause-Modus geschickt. Dann macht diese App das, was der Entwickler im Lifecycle für onPause() definiert hat. Vermutlich wird Osmand dann GPS deaktivieren und die FL-App die Bluetooth-Verbindung.
https://developer.android.com/guide/topics/ui/multi-window.html#lifecycle
Das vom TO beschriebene Verhalten konnte ich auf einem S7 nachvollziehen.