Vielleicht kann dir http://radweit.de/ eine gute Hilfe für die Planung sein. Wenn's um ausgeschilderte Radwege geht, dann sind die Routenplaner von NRW (http://www.radroutenplaner.nrw.de/) und Bayern (http://www.bayerninfo.de/rad) hilfreich. Ich würde die Planung von hinten anfangen: Lieber durch's Salzkammergut zur Enns und dann weiter zur Mur oder lieber entlang der Donau halten und dann "irgendwo" scharf nach Süden Richtung Graz abbiegen? Das bestimmt, ob Salzburg oder Passau das anzusteuernde Ziel in "Deutschland" ist und damit, welche Routen durch Bayern sich anbieten. Was den Weg bis Nordbayern angeht, verweise ich auf den schon erwähnten Thread von vor ein paar Wochen.
Gruß
Uli