Flixbus hat sich da etwas mit dem Fahrradtransport, mal liegt es wohl am Grenzverkehr, mal haben die Subunternehmer die Fahrradträger nicht, mal ist es irgendwas anderes. Aber:
https://www.flixbus.de/service/fahrrad-mitnahme
Man kann das Fahrrad wohl als Sondergepäck mitnehmen. Braucht halt nur eine Hülle. Das habe ich aber noch nicht ausprobiert, bisher ging das Fahrrad immer regulär mit (wenngleich manchmal trotzdem im Kofferraum).