Der Vorschlag ab Waldshut via Aare und Limmat ist die flachste Variante - aber auch die verkehrsreichste.

Die Strecke kann man fast Kfz-frei auf den schw. Veloland-Routen zurücklegen.
Es gibt eine ganze Reihe von möglichen Strecken auf den Veloland-Routen vom Rhein nach Zürich. Zur Planung empfehle ich die Karte bei beim Veloland (
http://map.veloland.ch/?lang=de&p&route=all). Ein Vorteil der Veloland-Routen: Sehr gut ausgeschildert.
Gruß
Uli