Woraus ergibt sich Deine Transferzeit? Hast Du Dir schon einen bestimmten Zug rausgesucht, den Du erreichen möchtest? Ich bin auch einmal vom Madrider Flughafen ins Zentrum geradelt, weiß aber nicht mehr genau, wie lange ich für die Strecke gebraucht habe. Ist schon ein ganzes Ende. Aus dem Flughafengelände hinaus ging es nur über mehrspurige Schnellstraßen (war aber machbar), dann bin ich irgendwie ein längeres Stück einem speziellen Radweg gefolgt, und dann wieder über "normale" Straßen. Kann ich aber nicht mehr so genau nachvollziehen. In vier Stunden vom Flughafen nach Atocha dürfte machbar sein (ich hatte damals keinen entsprechenden Zeitdruck, da ich zunächst, vor der Busfahrt nach Pamplona, in Madrid übernachtet habe), aber es ist auch nicht großzügig bemessen. Bis Du Dein Rad in Empfang genommen hast, ausgepackt, gegebenenfalls aufgebaut - Du solltest Dich jedenfalls vorher sehr genau über die Strecke informieren, damit Du keine unnötige Zeit verlierst.
Zur eigentlichen Frage: Ich kann Dir aus eigener Erfahrung Folgendes berichten: Ich bin einmal (auf einer anderen Spanienreise) mit dem Regionalzug von Sevilla nach Granada. Dort galt Reservierungspflicht für Mensch und Fahrrad. Über das Internet konnte ich meine Fahrkahrte und die Reservierung für mich buchen. Die Fahrradreservierung war im Internet nicht möglich (es sei denn, ich hätte irgendwas übersehen). Ich habe es dann drauf ankommen lassen. Ich bin am Tag zuvor in Sevilla gelandet und habe mir abends noch am Bahnhof die Fahrradreservierung für den gebuchten Zug geholt. War problemlos und kostenlos. Sofern das verallgemeinerungsfähig ist, heißt das also: nein, die Fahrradreservierung geht übers Internet nicht; Ja, auch wenn man die Fahrkarte und die Reservierung für sich schon im Internet gebucht hat, kann man vor Ort die zugehörige Fahrradreservierung bekommen. Man hat halt das Risiko, daß keine Plätze mehr frei sind.
Kannst Du Spanisch? Dann könntest Du mal auf der Homepage von Renfe recherchieren. Oder vielleicht haben die die Informationen auch in der englischen Version.
Sowohl Jaén als auch Granada sind gut geeignet als Einstieg in eine Andalusientour. Wie sind denn Deine Pläne? Von Jaén bietet sich der Bahntrassenradweg (Vía verde) richtung Westen an...
Und dann gibt es in Spanien, wie ja auch schon angedeutet wurde, auch immer noch die Möglichkeit der Fernbusse, die problemlos Räder mitnehmen. Ist für mich als passionierter Bahnfahrer nicht die Alternative erster Wahl, aber häufig leider, gerade mit Fahrrad, unproblematischer.