Ich schließe mich meinen Vorrednern an: Kann mir nicht vorstellen, dass das Innenlager nach weniger als 500km hin ist.
Mein Hauptverdächtiger bei Knackgeräuschen, die ausschließlich beim Pedallieren auftreten, wären die Pedale: Schraub sie ab, schäubere die Gewinde, fette sie ein bisschen und schraub sie wieder an. In den allermeisten Fällen sollte das den Knachgeräuschen den Garaus machen. Wenn das nicht hilft, würde ich als nächstes den Sitz des Sattels überprüfen: ist da wirklich alles fest? Und sitzt das Tretlager auch richtig fest im Rahmen, hast du beim Einbauen die Gewinde gefettet?
Mit Blick auf die Frage nach der Kompatibilität von 3x8 und 3x9-Kurbelgarnituren kann ich dir keine definitive Antwort geben. Bei den alten Schalthebeln kannst du aber oft die Rasterung abstellen - dann sollte es Schalttechnisch gehen. Wichtig ist, dass die Kettenlinie der neuen Kurbelgarnitur zum Rad und zum Umwerfer passt.