Bei mir lief es so (Allerdings Thai & Lufthansa und gleicher Flughafen), dass ich beim ersten Checkin für das Rad eine Gebühr zahlen musste. Auf dem Beleg stand dann drauf: Bezahlt für Auckalnd-Bangkok und Bangkok-Frankfurt. Du solltest dann drauf achten, dass die beim Checkin gleich alle Strecken drauf machen.

Ich würde aber eher vermuten, dass die Flüge durch den Flughafenwechsel als separate Flüge zählen und du somit zweimal bezahlen müssen wirst.